Монастырь Икалто расположен на возвышенном месте водораздельного кряжа между руслом реки Турдо и Алазанской долиной. Подобно монастырям им. Св. Шио, Алаверды и Артозани (он же Руиспири), основание монастыря Икалто связано с одним из 13 ассирийских святых отцов св. Зеноном – вероятно это произошло во второй половине VI века.
С этого времени в обители Икалто сохранилась только маленькая церковь св. Троицы – и то сильно переделанная. Возведенная из булыжника, эта церковь имеет двускатное кровельное перекрытие и двухэтажную пристройку с западной стороны. Внутренняя планировка церкви такая же, как и у малой Мцхетской церкви им. Св. Джвари (Креста) с толстостенными укороченными тремя рукавами и очень углубленной абсидой, в которой устроены две большие ниши в форме 3/4 окружности.
Изначально церковь вероятно имела и четвертый рукав с четырьмя выдающимися наружу фронтонами и установленный на барабане купол, поскольку она представляет собой образец купольного сооружения рубежа VI-VII веков. Привлекает внимание рельеф в каменной кладке, сделанный позднее, вероятно в VIII-IX веке.
К более позднему периоду, вероятно к IX веку, относится главный Собор монастыря, именуемый «Божеством». Это строение относится к типу «вписанного Креста», имеет четыре несущие опоры и возведено оно из булыжника. Кроме основного помещения Собор имеет поделенный на три части нардекс, и поверх нардекса находится помещение для предводителя монастыря, а также три больших портала с запада, юга и севера (южный и западный порталы имеют арочные перекрытия). Построенная на месте погребения св. Зенона сохранила в основном свой первоначальный вид. (Характерна подковообразная форма большинства арок и абсиды).
В XIX веке заново возведены из кирпича только купол и поддерживающая купол конструкция, что сильно изменило облик Собора — изначально купол, по всей вероятности, был намного ниже и опирался на устои.
В южной части монастыря расположены руины здания, построенного из булыжника, в котором несколько залов с очень большими окнами, каминами и т.д. Это здание относится к X-XII векам (вероятно имеет несколько слоев) и здесь находилась трапезная и примыкающее к ней учебное заведение (большой зал с восточной стороны ) – академия, где, согласно преданию, учился Шота Руставели.
